خیلی از رشته‌های علمی که در دانشگاه‌های مدرن هستند، در نظام‌های علمی کهن ایران و غیرایران هم بوده است و بعضی فکر می‌کنند اگر آن‌ها از بین نمی‌رفتند، چیزی شبیه دانشگاه امروزین می‌شدند.
اما یک تفاوت اصلی وجود دارد، آن چیست؟
بعضی فکر می‌کنند اهمیت و توجه به تجربه موجب رشد دانشگاه‌های غربی شده است. اما قضیه این هم نیست.
قضیه این است که دنیای مدرن، تجربه را بر همه چیز مقدم کرد و بنیان شهودی و عقلانی دانش را از بین برد. در نتیجه نظام تقسیم علم و رشد رشته‌های مختلف دگرگون شد.
این قضیه اگرچه محاسنی داشت و برخی اختراعات بزرگ در همین دوران شکل‌گرفت، اما معایب بزرگی هم داشت و بیشترین و بزرگترین جرم‌ها و جنایت‌ها را نیز سامان داد و موجب شکل گیری بحران‌های بزرگ روحی و روانی برای جوامع مدرن شد.
بسیاری از اندیشمندان حتی در خود دنیای مدرن به دنبال خروج از این بحران هستند ولی تا کنون موفقیت چندانی به دست نیامده است. (یا حداقل به ما نرسیده است.)
در جهان اسلام، علمای اهل سنت اگرچه تلاش‌های بزرگی کردند اما به دلیل ضعف فلسفی موفقیت چندانی نداشتند.
در جهان تشیع یا بهتر بگویم ایران، به دلیل وجود پشتوانه قوی فلسفه سینوی و صدرایی، این ایده به شدت زنده است و این ایده ذیل عناوینی مانند علم دینی یا وحدت حوزه و دانشگاه دنبال میشود.