حوزه علمیه، نظام آموزشی جهان اسلام است. این نظام در گذشته شامل همه‌ی رشته‌های علمی عصر خود می‌شد، اما به مرور زمان و با شروع افول تمدن اسلامی و نزاع علما و سلاطین بر سر قدرت، ذره ذره حوزه ضعیف شد و رشته‌های علمی یکی پس از دیگری از نظام حوزه حذف شدند تا اینکه تنها دروس رسمی حوزه در عصر پهلوی، فقه و اصول بودند. دروسی مثل فلسفه، عرفان و تفسیر نیز به طور خصوصی و در محافل شخصی علما دنبال می‌شد.
در دوران قاجاریه و پهلوی، سلاطین عصر مانند خلفای عباسی به واردات علم پرداختند، با این تفاوت که این بار، صرفا به ترجمه و وارد کردن کتاب و عالمان غیرمسلمان اکتفا نکردند، بلکه نهاد علم را وارد کردند. در حقیقت دانشگاه وارد ایران شد تا جای حوزه را بگیرد اما از بخت بد غربگرایان، از سویی دانشگاه‌های غربی آن قدرت و هیمنه قبل را نداشت و از سوی دیگر، حوزه‌های علمی‌شیعی، پشتوانه علمی و فرهنگی قدرتمندی داشتند، لذا حوزه علمیه حذف نشد.
تمام بحث وحدت حوزه و دانشگاه هم همینه که چطور این دو تا نهاد آموزش عالی رو باهم سازگار کنیم!
توی‌غرب، نهاد علمی کلیسا به دانشگاه تبدیل شد، یعنی یک حرکت بومی و درون‌زا بود. خیلی از دانشگاه‌های معتبر فعلی در اروپا و آمریکا هم کلیسا بودند. خیلی از دانشمندان قدیمی هم کشیش بودند.
اما دانشگاه در ایران وارداتی است و باید بومی سازی شود. البته یک اندیشه بالاتر هم هست که می‌گوید دانشگاه باید اسلامی شود. اگر ما دانشگاه اسلامی داشته باشیم، در حقیقت توانسته‌ایم حوزه و دانشگاه را در هم ادغام کنیم و دیگر دو نهاد علمی نداریم.